Pelaksanaan SM-3T sudah berlangsung selama 5 tahun oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kemendikbud pada saat itu, dan pada tahun ke-6 ini, peralihan pelaksanaan program SM-3T dilakukan dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi yang saat ini berada di Kementerian Riset, Teknologi, Pendidikan Tinggi, ke Direktorat Jenderal Guru dan Tenaga Kependidikan (Ditjen GTK) Kemendikbud.
Dalam pelaksanaannya, SM-3T melibatkan Lembaga Pendidikan dan Tenaga Kependidikan (LPTK) dari 12 Universitas, Badan Nasional Pengelola Perbatasan (BNPP), Badan Intelijen Negara (BIN), Kementerian Desa, PDT dan Transmigrasi, Perwakilan Pemerintah Kabupaten (Dinas Pendidikan) daerah 3T. Pelaksanaan Program sm-3T dilaksanakan selain untuk pemerataan mutu pendidikan di daerah 3T, juga menjadi wadah untuk calon guru memenuhi kebutuhan pendidik di setiap daerah di Indonesia. Peserta SM-3T akan ditempatkan di 56 Kabupaten di daerah 3T. Calon guru yang telah terpilih akan ditempatkan di daerah 3T selama satu tahun.
Pelepasan peserta SM-3T akan dilakukan serentak pada tanggal 31 Agustus 2016 secara telekonfrensi, dan pada tanggal 1 September 2016, peserta mulai diberangkatkan ke daerah sasaran program SM-3T. Sedangkan pada hari ini, dimulai dari tanggal 24 s.d. 26 Agustus 2016 dilakukan koordinasi penetapan penempatan calon peserta Program SM-3T, sebagai upaya mensinergikan sumberdaya berbagai pihak terkait dalam menyukseskan penyelenggaraan program tersebut.
Proses rekrutmen telah dilaksanakan secara daring sejak tanggal 6 Juni pukul 09.00 WIB sampai dengan 4 Juli 2016 pukul 23.59 WIB. Informasi daring dilakukan melalui laman www.gtk.kemdikbud.go.id, seleksi.dikti.go.id/sm3t dan pada laman masing-masing LPTK, serta melalui media sosial. Tahun ini calon peserta berasal dari Program Studi PGPAUD, PGSD, PLB, Bimbingan Konseling, Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Seni Budaya (Drama, Tari, Musik), Pendidikan Seni Rupa, Pendidikan Matematika, Pendidikan Fisika, Pendidikan Kimia, Pendidikan Biologi, Pendidikan IPA, PPKn, Pendidikan IPS, Pendidikan Sejarah, Pendidikan Geografi.
Kemudian juga Pendidikan Ekonomi, Pendidikan Sosiologi/Antropologi, Pendidikan Teknik elektro/Ketenagalistrikan, Pendidikan Teknik elektronika, Pendidikan Teknik Mesin, Pendidikan Teknik Otomotif, Pendidikan Teknik Bangunan, Pendidikan Kesejahteraan Keluarga Tata Boga, Pendidikan Kesejahteraan Keluarga Tata Boga, Pendidikan Kesejahteraan Keluarha Tata Busana, Pendidikan Kesejahteraan Tata Rias, dan Pendidikan Jasmani.